Blog's new face

It's been a while since I wrote on this blog. I wanted to made some changes, reorder things and prepare good contents. (Good things come on the way).

The blog structure will be the same, but the labels were improved and the blog's url was changed to

dalogbook.blogspot.com

So, all the older posts must be accessed using this URL (e.g. changing science-logbook for dalogbook on the post's url)

Intención e Iniciativa

Hace algún tiempo reflexioné sobre la validez del dicho

"la intención es lo que cuenta"

Para la Real Academia de la Lengua Española, intención significa

intención.

(Del lat. intentĭo, -ōnis).
1. f. Determinación de la voluntad en orden a un fin.

"Determinación de la voluntad".

Sin duda alguna, la intención es un componente fundamental cuando se piensa de hacer cualquier cosa, sin embargo, debe conjugarse con la iniciativa de hacerla. Por cruel que suene, la verdad es que el mundo no está hecho de intenciones. Está hecho de resultados, iniciativas materializadas en cosas tangibles, por eso pienso que intención sin iniciativa, en términos de resultados, es equivalente a no haber tenido intención alguna.
¿la intención es lo que cuenta?, Yo diría que no.

Nada como una buena conversación, pero una de verdad.

Los teléfonos se inventaron para acortar distancias, no para alargarlas

Mis padres

Tardé muchos años en comprender el verdadero significado del aforismo con el cual doy inicio a esta entrada. Quizá por mi terquedad o porque cada generación trae sus propios caprichos, no veía nada de malo en extender mis conversaciones por teléfono más de lo necesario. Aquella súplica con la cual se me llamó la atención años atrás cobró sentido cuando fui consciente de lo supeditadas que están nuestras interacciones con los demás a los medios que disponemos para comunicarnos. Y es que actualmente la situación no es muy distinta y con las tecnologías emergentes se está virtualizando todo. Las conversaciones se están reemplazando por mensajes de texto cada ves más inexpresivos: Se omiten acentos, comas, y tildes, quizá por el afán de "comunicarse" lo más pronto posible o por la pereza de tomarse el tiempo para puntuar y acentuar --otra perspectiva más desalentadora apunta a la ignorancia de la ortografía. Con los afanes de "estar conectados" estamos creando una sociedad cada vez más dispersa e inconexa, los espacios de intercambio personal están siendo usurpados por espacios virtuales.

Sin duda, el abanico de posibilidades de comunicación con el cual disponemos hoy es enorme, y no puede negarse que en muchos ámbitos es deseable disponer de un medio impersonal para comunicarse rápida y eficientemente, pero no sé como la gente cambia el placer de una conversación "de tu a tu" por servicios de mensajería instantánea. El vibrar de otras personas, sus gestos, sus acentos, sus risas --las de verdad, esas que la onomatopeya del "ja ja ja" apenas puede representar-- y todas esas pequeñas cosas que como sinergia hacen que conversar sea algo placentero.

Para mi el problema radica, como todo, en abusar: basar las relaciones en medios tan volátiles como las redes sociales o los servicios de IM, pueden dar lugar vínculos igualmente volátiles. La sociedad y el mundo necesitan más de personas que conversen personalmente, que compartan, que cultiven su empatía --una dimensión humana que se desarrolla teniendo un intercambio personal con los demás-- que permita conexiones más profundas.

No se puede enseñar nada a un hombre; sólo se le puede ayudar a descubrirlo en su interior.

Galileo Galilei

A mis Padres gracias por el empujón para descubrir esto en mi interior: Que no hay nada como una buena conversación, pero una de verdad.

On the unexpected

There will be times in life when unexpected things will happen. Some people can't cope with the fact that every little detail can't be controlled, the fact that life brings his own surprises, unexpected events, unexpected situations, unexpected choices... the unexpected makes this life as dynamical as it is, and I strongly believe that unexpected things make this life worth living.

The good of the unexpected is that always represents challenges, and every challenge brings is own lesson, even if you can't endure the challenge.

The next time you confront unexpected situations, be thankful of having a dynamical life, be thankful for the opportunity of learning, when learning means growing, and growing means evolving to a better version of yourself.

Editores de texto y programación - mi perspectiva desde el uso, el abuso y la desazón

Todo estudiante de ciencias* pasa por aquella época de la vida donde debe programar (o por lo menos, intentarlo). Dejando de lado todas las peripecias asociadas con esta empresa, quiero concentrar esta entrada en mi experiencia personal con los editores de texto y los entornos integrados de programación (IDE).

* se habla de lo que se conoce.

Emacs

Emacs forma parte de la comunidad GNU. Si bien, es un editor de texto útil, la necesidad recurrente de atajos de teclado que no podía memorizar fácilmente me hacían perderle un poco el respeto.
Se comporta muy bien al trabajar desde consola, pero también ofrece una interfaz gráfica.
Una de las características más llamativas es la gran cantidad de plug-ins disponibles. Por ejemplo, hay un plugin para integrar emacs sistemas de control de versiones (como git), hay un plugin de WYSIWYG para la edición de textos en latex. La lista sigue, incluso hay plugins que ofrecen juegos de arcade.

No recomendaría este editor para los neófitos en la programación, suelo bromear diciendo que emacs es el editor de texto preferido de Davy Jones

Así se sienten los atajos de teclado demasiado largos

KDevelop

Fui usuario asiduo del entorno de escritorio KDE. Un día por recomendación de un amigo me enteré de la existencia de KDevelop, un entorno de desarrollo muy poderoso. Igual que emacs posee reconocimiento de sintaxis en varios lenguajes, y permite configurar control de versiones con git. Otra característica importante es el autocompletado de palabras, lo cual acelera el proceso de escritura. Toda una maravilla si se tiene suficiente RAM a disposición.

Pero como todo en la vida, no hay nada perfecto: los requisitos de memoria del KDevelop, así como una reciente racha de crashes hicieron que retomase mis intentos por utilizar un editor que había probado tiempo atrás: Vim

VIM (VI Improved)

Vim pareciera ser un editor de texto bastante simple, sin embargo, no hay que dejarse engañar. Puedo resumir diciendo que vim es uno de los editores de texto más potentes que he podido utilizar. Posee gran versatilidad en su sistema de comandos, además de reconocer la sintaxis de más de 200 lenguajes de programación (incluyendo TeX y Latex), permite una personalización muy amplia al punto de permitir cosas como definir sistemas de resaltado de sintaxis propios, esquemas de color y comandos personalizados. Comparándolo con emacs, vim utiliza instrucciones más simples y fáciles de recordar, tan sencillas que es posible programar usando una mano (obviamente son escasas las situaciones donde esto será necesario). Además de su versatilidad, la curva de aprendizaje es suave y basta con usarlo por algunas horas para acoplarse a esta "power tool" como lo llama su creador. Sin lugar a dudas, uno de los mejores editores que he utilizado.
Me llamó mucho la atención enterarme que vim forma parte de una campaña para apoyar niños en Uganda a través de donaciones. Buen trabajo equipo vim!!!

Vim: The power tool for everyone!

El proceso de personalización el editor vim toma tiempo, hay un sitio en particular donde se puede aprender como. Un amigo mío dispone de un repositorio en github donde publica un conjunto de configuraciones muy útiles para quienes programamos en C++, los invito a que se den una pasada por https://github.com/muzgash/vim

Para los interesados en aprender más sobre como usar vim 

Y a que viene todo esto?

El proceso de programación y escritura debe ser una experiencia reconfortante, por lo tanto es importante disponer de un buen editor de texto. Para programar puede usarse cualquier editor de texto y cada cual elije el editor que más le convenga en función de sus necesidades particulares. Opté por mencionar los editores de texto más significativos entre los que he usado durante mis proyectos de programación (que consisten básicamente en aprendizaje de lenguajes). Dentro de los editores que he probado están UltraEdit(Windows), Geany (Un IDE escrito en GTK), Kate, y la lista se extiende.

Pese a todo, lo que importan son las habilidades de programación que se tienen, y no el editor se use para programar.

Enlaces de interés

1. Página del proyecto GNU Emacs http://www.gnu.org/software/emacs/
2. Página del proyecto KDevelop http://kdevelop.org/
3. Página del proyecto VIM http://www.vim.org/about.php
4. Repositorio de configuraciones de VIM https://github.com/muzgash/vim
5. IDE Geany http://www.geany.org/
6. Para aprender a usar vim http://code.tutsplus.com/articles/25-vim-tutorials-screencasts-and-resources--net-14631
7. Para aprender más de otros editores

Aplicaciones recomendadas para Windows 7

Como usuario ocasional del sistema operativo Windows 7, siempre me pregunté cuales serían las mejores aplicaciones de uso cotidiano que, además de ser funcionales, fuesen de código abierto.
Una búsqueda en google dejará claro que no es complicado dar con listas de aplicaciones recomendadas. Personalmente he encontrado que muchas recomendaciones no resultan tan útiles, y en muchas ocasiones considero que las aplicaciones han sido sobre valoradas.
Durante varios meses de usos y abusos, he encontrado varias aplicaciones de código abierto útiles, teniendo como criterio principal la funcionalidad.

(Nota: hay un sitio que provee una enorme lista de programas de software libre: http://www.cdlibre.org/)

Compresión/descompresión

7-Zip

Esta es una aplicación de compresión de archivos, soporta una amalgama de formatos de compresión bastante amplia, incluyendo los clásicos .zip y .rar, así que no será necesario tener instalado ningún otro programa de compresión/descompresión de archivos.
La interfaz gráfica, pese a ser minimalista es bastante funcional (una característica que algunos apreciamos)

Ofimática

Lectores de documentos

Foxit Reader

Probablemente uno de los mejores lectores de PDF que he encontrado (para Windows). Si eres de los usuarios que les gusta subrayar los PDF, hacer comentarios en ellos o introducir marcadores, este programa es el indicado. Otra de las características más notables es sistema de pestañas que permite tener varios PDF abiertos en pestañas independientes sin llenar tu barra de tareas.
Una observación importante: consume menos recursos que el lector de Adobe.

WinDjVu

Existe un formato para libros digitales conocido por la extensión .djvu, WinDjVu es el lector de archivos .djvu más simple que conozco para windows, incluye la lectura por pestañas (como el Foxit) además de ser bastante amigable con el uso de recursos.

Editores de texto

LibreOffice

Esta suite ofimática es una de las más polémicas que conozco, su origen se remonta a las épocas en que la compañía Oracle se hizo cargo de mantener la suite conocida como OpenOffice, la comunidad del software libre fundó The Document Foundation a mantener su propia versión del software orientado a la manipulación de documentos, hojas de cálculo, diapositivas, entre otras funcionalidades. La compatibilidad con los formatos privativos de Micro$oft tales como el .docx, o el . xmlx es pésima, pero esto se conocía desde los tiempos de OpenOffice, pero ello se debe a que los formatos Micro$oft son cerrados.

TeXMaker

Este es un editor para la redacción de textos en LaTeX. Si bien, para redactar en LaTeX se necesita de un compilador y un editor de texto plano (como el block de notas), este editor viene con suficientes herramientas de edición para el sistema operativo Windows

Red Notebook

Este programa es muy versátil a la hora de llevar una bitácora/diario/registro, por ejemplo, a la hora de tomar nota sobre el progreso de una investigación o proyecto personal.
La entrada de texto se realiza por Markdown, lo que permite agilizar el proceso de escritura, es posible crear plantillas personalizadas y todo lo escrito se guarda por fechas, además de poder ser exportado en varios formatos. Como añadidura incluye un sistema de etiquetas (o tags) y la generación automática de WordClouds (o TagClouds)

Gestión de bibliografía

Mendeley 

Todos aquellos que trabajamos en ámbitos académicos nos enfrentamos a la tarea de organizar eficientemente las referencias bibliográficas y la manera de citarlas. Mendeley ha sido una de las mejores opciones que he encontrado pues permite tener la bibliografía sincronizada entre varios PC, tiene un PlugIn que puede instalarse en LibreOffice (creo que en M$ Office también) con el cual es posible introducir las referencias al vuelo sin preocuparse del formateo de la bibliografía, la cual se introduce automáticamente y con el formato que queramos darle (tiene una lista de opciones). Altamente recomendado para la gestión de bibliografía.

Calibre

Esta herramienta es funcional, está orientada a la gestión de libros digitales y su intercambio con lectores "ebook" tales como el Kindle de Amazon. Permite convertir entre distintos formatos (epub, mobi, pdf) además de realizar una gestión de contenidos a fondo.

Multimedia

VLC Player

Todo usuario de Windows conoce el eterno problema de Windows Media Player con los códecs de audio y video a la hora de reproducir películas en tu PC. VLC Media Player es un manejador multimedia que resuelve este problema, su instalación incluye un paquete completo de códecs además de hacer un uso más adecuado de los recursos del sistema lo cual lo convierte en un reproductor muy versátil. Dentro de los contra está el pequeño detalle: no tiene un buen sistema de gestión de multimedia,

Clementine

Este reproductor de multimedia me ha resutlado bastante útil, cuenta con un equalizador y un sistema de gestión de multimedia bastante adecuado.

Editores de Imagen

No tengo mucha experiencia en la edición o creación de imágenes, pero me permito recomendar estos programas sin añadir mayores comentarios al respecto

GIMP

Inskape

Scribus

Mensajería instantánea

Pidgin

Un gestor de mensajería instantánea que soporta múltiples cuentas y protocolos de comunicación, entre ellos, el protocolo de Gtalk (Jabber), Facebook Chat, IRC, AIM, Yahoo!, entre muchos otros.

Mantenimiento del sistema

CCleaner

Un programa para la limpieza de claves de registro, archivos temporales, entre otras tareas generales de limpieza

ToolWiz Care

Este programa se encarga de labores parecidas a CCleaner, pero trae herramientas adicionales muy útiles a la hora de optimizar el uso de recursos del sistema.

Defraggler

Un software para desfragmentado de dicos, simple, funcional, recomendado.

Computación y Matemáticas

Maxima

Es un motor de cálculo simbólico, bastante parecido a Mathematica, merece la pena una oportunidad.

Scilab

Es un software de cálculo numérico, bastante parecido a Matlab, diría que es una alternativa bastante útil, además de ser multiplataforma.

QtiPlot

Un sistema de análisis de datos que incluye herramientas de ajuste no lineal, graficación y manipulación estadística de datos. Una excelente alternativa a Origin.

Mantener un blog - más de dos meses sin escribir

Para mi escribir un blog es toda una aventura. Lo pongo en esos términos "aventura", pues se trata de realizar incursiones periódicas al mundo de mis ideas y motivaciones para traer al mundo una entrada que pueda ser de utilidad para algún lector incauto. Los inconvenientes con los cuales me he encontrado han sido de tres tipos:

• Tiempo
• Espacio
• Pertinencia

Tiempo, puesto que no siempre está a mi favor para escribir entradas, hace meses tengo un par de entradas en el horno esperando a ser terminadas, no se trata de un <<simplemente siéntate a escribir>>, se trata de <<si vas a escribir algo, hazlo bien>> que lleva un poco de <<corrige esto, corrige aquello, aquí esto sobra y esto se puede mejorar>>, lo cual requiere cantidades considerables de tiempo.  Este problema aflora más cuando se trata de preparar entradas en inglés, mi formación en inglés ha sido 40% formación, 50% autodidacta y 10% ensayo y error, por lo tanto me veo limitado en este aspecto.

Espacio, puesto que no siempre encuentro el momento oportuno para terminar la labor de escritura., o las ideas fluyen cuando no me encuentro frente al editor. Íntimamente ligado con el tiempo, el espacio también influye la concentración y el influjo de ideas.

Pertinencia, porque me preocupo de escribir entradas que puedan ser de alguna utilidad. Como escribí antes, no se trata de un <<simplemente siéntate a escribir>>, diría que se trata de <<si vas a escribir algo, que sea útil>>.

Luego de pensar en lo poco que actualizo el blog y en la longitud de las entradas, me pareció pertinente cambiar de estrategia. Pretendo realizar entradas más cortas en longitud y condensando más las ideas.

La tetera de porcelana de Bertrand Russell

"Because we know that you can't prove to me it's not there..."
(contra-)Campaña Teach the controversy 

"Si yo sugiriera que entre la Tierra y Marte hay una tetera de porcelana que gira alrededor del Sol en una órbita elíptica, nadie podría refutar mi aseveración, siempre que me cuidara de añadir que la tetera es demasiado pequeña como para ser vista aun por los telescopios más potentes. Pero si yo dijera que, puesto que mi aseveración no puede ser refutada, dudar de ella es de una presuntuosidad intolerable por parte de la razón humana, se pensaría con toda razón que estoy diciendo tonterías. Sin embargo, si la existencia de tal tetera se afirmara en libros antiguos, si se enseñara cada domingo como verdad sagrada, si se instalara en la mente de los niños en la escuela, la vacilación para creer en su existencia sería un signo de excentricidad, y quien dudara merecería la atención de un psiquiatra en un tiempo iluminado, o la del inquisidor en tiempos anteriores.^1"

Bertrand Russell

(Fuente: http://es.wikipedia.org/wiki/Tetera_de_Russell)

Thoughts on Linux distributions and Free software community

Linux and GNU/Linux distributions are becoming very popular these days. Maybe a clue on that are the facts that the company Valve has launched a beta testing version of Steam for linux, and there are rumors of Blizzard games for linux to be launched this year, just to mention some cases.

It's worth to ask, ¿how did Linux OS get to this point of popularity?. The main reason could be a combination of: the effort of open-source communities to spread the word while making things more accesible to inexperienced people, the fact that the internet allows the fast interchange of information, and the improvement or, if you prefer, the more user-friendly Linux distributions available as the Ubuntu distro by Canonical.

The first Linux distro i've used was CentOS as part of a computing course at my carreer's pensum. Unsatisfied, the first distro I successfully installed on my Desktop PC was Knoppix (by Klaus Knopper) a Debian based distro. I was amazed by the idea of using software without paying for it (as a Windows user, i knew very well this issue, and the need to pay for licenses and software use), but then, I gradually became aware of the free philosophy behind the free software, and understood that this was a great way to be followed ( in part at least, given some "by-practical-reasons" exceptions) then migrated to Ubuntu and then Kubuntu(a KDE desktop version of Ubuntu) and so on until I got Debian Testing installed about 3 years ago.

Since then, I use to make jokes about Ubuntu users (like the [1] here), or the emmerging Linux Mint (They have the Debian edition, a Debian testing based version of Linux Mint, but, still don't get the point of make a Debian-edition distro if you actually have The Debian GNU/Linux distrubution working) but just for fun, I really think that few people can say that their dive into Linux world and open-source programs was smooth and easy. That brings me again to the point of the user-friendly systems, may be the best way of getting to people is let them know that Linux systems are not too difficult to use/manage/mantain. I think that some of us must say "thanks" by that. Even stigmatized (of being too difficult) distros as Debian need to be acompanied of documentations, community forums, bug-reports, mail-listings, and the most important: The Debian Wiki (must take a look on that), and many of Debian users (as in my case) own their installed systems to those resources (or "recipes" some cases :P). It's worth to think that all those resources were made by more experienced users that took the time to do them, ¿what if they didn't? if they think that newbies do not deserve such guides?, This questions are directed to those who thinks that, by getting some "basic" Linux skills, feel like hackers or something alike, and treat the newbies as if they weren't one of them before.

Given a hypotetical law of "the software improvement is proportional to available users", I think the call is to make the free software and open-source community grow by helping others learn how to get the best of their machines and distros, and not scare them wanting to feel superior or something, that kind of selfish acts doesn't bring you to any higher level (Actually, helping others does it)

Maybe using linux could demand you some learning curve, but it really worths every minute spent.

If you are new to linux and want to choose a distribution, I really think that one of the best documented is The Debian GNU/Linux distrubution, they have the InstallingDebianOn project, so maybe your laptop (or PC) has is own how-to-install debian page.

Book: Twenty Thousand Leagues Under the Sea

About two weeks ago i finished reading Twenty thousand leagues under the sea by Jules Verne. 

It's one of the classics on the science fiction genre, so there must be a lot of reviews and summarys of the book. One thing that i liked most is Verne's style, the mistery atmosphere that he puts around captain Nemo, and his ability to caught attention of the reader is an experience that i recommend you, reader.

The thing I want to bring about the Twenty thousand leagues under the sea and the journey aboard of the Nautilus, is the fact that Jules Verne was very precise about the scientifical data, he speaks about many existing animal species of the seas, also, he mentions natural phenomena as bioluminiscence, submarine volcaninc eruptions, oceanic streams (as that of Gulf), the iceberg phenomena and much more, simply outstanding. To express my point better, think of yourself today, you have internet wich means access to information, in addition put a very prolific scientific environtment(in comparison at least), with just few minutes in front of your laptop, you can get enough scientifical accurate information, so you can try to write some science fiction history. But now, think of yourself in the 1860 decade ('till 1870) and write that book.

It's worth to mention that the book has a lot of historical remarks wich reveals a writer with a huge literacy.

The Nautilus path along the seven seas

Interesting Phenomena
Maelstrom
Near the ending of the book, Verne mentions a phenomenon known as maelstrom (or maelström), a very strong whirlpool current near some Norwegian islands (near Lofoten island) is not considerated as a great harm for modern ships. See the video to get the idea

The phenomenom is caused by the encounter of currents flowing in opposite direction

Sargasso sea

Other interesting phenomena is the Sargasso Sea, a debris zone (my words) due to a circular loop of the Gulf Stream. A NOAA web page says 

The Sargasso Sea is a vast patch of ocean named for a genus of free-floating seaweed called Sargassum. While there are many different types of algae found floating in the ocean all around world, the Sargasso Sea is unique in that it harbors species of sargassum that are 'holopelagic' — this means that the algae not only freely floats around the ocean, but it reproduces vegetatively on the high seas. Other seaweeds reproduce and begin life on the floor of the ocean.

Sargaso Sea due to the Gulf Stream

Sargaso Sea due to the Gulf Stream

Sargasso sea debris

A commentary on a Nobel peace prize nominee

At the official Nobel prize web page one reads

“The said interest shall be divided into five equal parts, which shall be apportioned as follows: /- - -/ one part to the person who shall have done the most or the best work for fraternity between nations, the abolition or reduction of standing armies and for the holding and promotion of peace congresses.”

(Excerpt from the will of Alfred Nobel)

I put this excerpt, cause the private Bradley Manning is in the list of Nobel Peace Prize nominees.

To put some context, Bradley Manning, is the soldier who starred the scandal of sending classified material of the U.S.A. to the Wikileaks agency (a video of an U.S.A. helicopter  killing civilians and two iraki journalists of the Reuters agency. Also is imputed of sending several compromising docuements concerning the wars at Irak and Afghanistan). Today, private Bradley faces a sentence of 52 years in prison, the imputed charges: treason.

I still wondering how in the world, to worry about innocent human lives is a matter of criminals and traitors, or if Bradley's actions must be qualified as "treason", but my conclusion is always the same. To express my thoughts, I'll borrow a post seen on the official Wikileaks facebook page

The question is not whether Bradley Manning deserves the Nobel Prize. The question is whether the Nobel Prize deserves Bradley Manning.

He probably won't win the prize, and given the conditions, i would consider it as a superficial fact. I really hope that history gives him the reconnaissance that he really deserves, i guess, as a martyr. Perhaps, in some decades, an academic institution gives the Bradley prize on human rights.

Apologia to Science Log Book

First act - The contents
You will find reviews of many kind about books, scientific papers, free software, C/C++ programming, the list goes on... I hope you enjoy reading my blog and find it useful. Do not hesitate to contact me to share your comments and/or observations.

Second act - The reasons

There are a bunch of reasons for starting a blog. Personally i'm motivated by the thought of sharing ideas with other people, the written form, is the most impersonal way to do the job, using a blog, it's easy to cover a wide range of public.

A page of Da Vinci's Notebook  (Log book)

While navigating across the seas, the ships had a notepad where they registered all the details along they journey, that notepad it's also called  a binnacle. From a scientifical point of view, exist the concept of logbook, it's a book (or notepad) where all the details of a research are properly logged. Both are the escence of this blog, I prettend to post details from each point of view,  from the point of view of a (wanna be) scientist, and from a navigator of this world.